Hola,
La ruta que quieres hacer es la mas sencilla de Africa y no plantea problemas, ,mejor empezar por Sudafrica (muy buena red de hostels) para tener un aterrizaje suave en Africa y subir hasta Kenya. despues el norte de Kenya, a Etiopia es mucho mas duro y a veces inviable. Y el visado de Sudan tiene truco si te animas a ir hasta Egipto. Los visados de la ruta que quieres hacer son sencillos y animales salvajes sueltos no te vas a encontrar en ningun sitio por donde transites, tendras que ir a los parques nacionales a verlos. Lo que me nos me gusta encontrarme es una hiena de todas formas. La situacion mas dificil esta en Zimbabwe y puedes evitarlo perfectamente. Las cataratas Victoria la puedes ver entrando un rato desde Zambia y si no las ves no pasa nada porque supongo que habras visto Iguazu. Puedes hacer Swaziland, Mozambique, hacia el norte y entrar en Malawi o seguir por la costa hasta Tanzania. Las dos cosas tienen su encanto, el lago Malawi y la cultura Swahili de la costa, las islas. En Tanzania tienes que elegir, o vas para la costa y Zanzibar , una joya, o hacia el interior, el lago Tanganika se puede hacer en ferry de un lado a otro en tres dias si te aburres de pedalear. Si vas por el interior, entra en Rwanda, un vergel casi unico en Africa, de alli a Uganda , las fuentes del Nilo y Kenya. Rwanda y Uganda son seguras, Kenya tambien excepto el norte y Nairobi de noche. Burundi tiene poco interes pero es la ruta natural de Rwanda al Tanganika. Pasa por epocas de inestabilidad y ultimamente esta revuelto, si te lo pierdes no pasa nada.
Hay otra ruta posible, subir de Sudafrica a Namibia y a traves e la banda del Caprivi llegar a Zambia, verias Etosha, el desierto mas bonito del mundo, el Namib, y podrias entar en El delta del Okawango (Botswana) de paso desde el Caprivi. Y te plantas en Livingston y las Cataratas. Pero luego si de alli tiras hacia Kenya te pierdes Mozambique que es muy guapo (y hablan portugues). Aunque podrias cortar hacia la costa y ver por lo menos el norte de Mozambique, la Ilha de Mozambique, la antigua capital es imperdible.
De vacunas etc hay paginas mejores donde informarse, no creo que sea este el lugar, y cada uno te dira una cosa. Y por lo demas, lanzate sin miedo, La ruta del Cabo a Nairobi es Disneyland para lo que puede ser Africa, la hacen montones de Overland Trucks, camiones cargados de backpackers veinteañeros que van emborrachandose de camping en camping. Aprenderas a detestarlos como aprenderas a detestar muchas cosas de Africa, pero Africa es unica y te cautivará, eso seguro.