Ah, vale, vas por la pista paralela a la autopista, entendido... De todas formas sigue sin entusiasmarme, es una pista muy aburrida y bastante feota y con varias trampas en forma de rampas fuertes, que además se hacen incómodas por la cantidad de grava gruesa, y la llegada a Irurtzun por esta pista también tiene alguna rampa bestia... Mi propuesta va casi toda por asfalto, igual no te hace gracia por lo de compartir espacio con coches, pero es una ruta que a mí me gusta mucho y que no considero peligrosa (la hago muy a menudo).
La salida desde la estación de tren se puede hacer por acera-bici, así que no plantea grandes problemas (tú la has dibujado mejor que yo, mi track va por la apestosa rotonda de Cuatrovientos, así que no hagas caso a eso), Berriozar también se atraviesa por carriles-bici y, tras unos tramos de pistas en buen estado se llega ya al asfalto (NA-4100). A partir de aquí todo son carreteras bastante tranquilas, más cuanto más te alejas de la ciudad. Eso sí, hay un pequeño puerto, el de Markalain, pero no plantea ninguna dificultad, un par de curvas cerradas y menos de dos kilómetros que puedan considerarse puerto. Desde allí hasta Lekunberri no hay más que ir conectando pueblecitos y un paisaje precioso. Por esta ruta no es necesario que llegues a Irurtzun, no veo la necesidad (es un pueblo que no tiene nada de particular), sino que una vez en Latasa puedes conectar directamente con la ampliación de la vía verde del Plazaola o, si quieres evitarte unas rampotas que hay en esta vía para salvar un túnel derruido, puedes llegar a Lekunberri por la NA-1300 que comentabas, que a mí me gusta mucho (aunque va subiendo y hay que sudar un poco, jejeje) y tiene muy poco tráfico (tan sólo tened un poco cuidado en la curva cerrada que hay antes de llegar a Lekunberri).
Bueno, eso es lo que se me ocurre, igual te parece un poco larga mi variante (41 km), pero ya te digo que no veo opciones más cortas que no pasen por la pista de servicio de la autopista... Y nada, que si queréis cicerone cuando vengáis por aquí y yo estoy libre, pues encantada de acompañaros un ratito, aunque sólo sea para la salida de la ciudad