Hola Esther y Matías,
Filipinas es, sin duda, un lugar donde os va a apetecer improvisar e incluso regresar. Por lo tanto, you planificaría dejando un pequeño colchón de días para poder absorber esos pequeños cambios o ruta alternativa para recortar el recorrido en caso de alargarlo debido a la improvisación. Siempre podéis meter las bicis en un bus o jeepney para recuperar tiempo si se os hace tarde.
He estado varias veces en Coron y El Nido y nunca he reservado ni he encontrado problemas a la hora de encontrar alojamiento. Si no vais en una época tipo Navidad/Año Nuevo o Semana Santa o fin de semana no deberíais tener problemas. En El Nido siempre me he quedado en Lualhati, a unos 5-10 minutos caminando desde el centro. Para lo que es el Nido es muy barato. Creo recordar pagar unos 1000PHP por una habitación doble con baño y ventilador.
El barco Mindoro-Coron es suficientemente grande como para llevar las bicis. Os recomiendo siempre que superviséis el amarrado de las bicis porque no tendrán en cuenta que la bici se pueda rayar, etc. El billete lo podéis comprar el mismo día o el dia dia anterior si llegáis con anterioridad.
En cuanto a las cajas para las bicis, en Puerto Princesa encontré algunas tiendas de bicis en Malvar Road, zona del mercado/Jollibee.
El pasado invierno realicé una ruta desde Manila hasta el punto más al norte de Luzón siguiendo carreteras secundarias y sin asfaltar. A ver si un día tengo tiempo para repasar la ruta y comentarla.
A disfrutar!